Berikut ini adalah beberapa program MKA Indonesia :
1. Program online
- ODOP, yaitu kependekan dari One day one page. Dalam hal ini, anggota membaca Al Qur’an dalam satu hari satu halaman beserta isinya
- OWOJ, yaitu kependekan dari One week one juz. Dalam hal ini, anggota membaca Al Qur’an dalam satu Minggu satu juz
- Kedua program tersebut dilaksanakan dalam grup
2. Program offline
- Khotmil Qur’an & taushiyah di masjid
- Khotmil Qur’an & taushiyah di sekolah
- Khotmil Qur’an & tausiyah di bis
- Khotmil Qur’an dan tadabbur alam
- Wisata religi
3. Program khusus
- Wakaf Qur’an
- MKA berbagi
- Pengumpulan infak dan zakat
- Umroh (khotmil Qur’an fil Harom)
- Haji mandiri, private dan furoda